1922年7月9日，杨森所部兵分两路由重庆向驻在川东北的第1军发动突然袭击，第1军因准备不足，初处守势，主动放弃忠县、万县，旋即反攻，第2军不支而退。8月1日第1军克渠县，2日克达县，第2军退回重庆，又遭到省联军的围攻，杨森被迫于7日率部出渝，节节后撤至川东万县、奉节一带。杨森的失败使吴佩孚颇为焦虑，他认为“渝在虽小挫仍能恢复，渝亡纵苟延亦必终败”，遂急令陕西刘镇华出兵川北绵阳，牵制第1军，策应杨森，“俾杨无后顾之忧”；同时令宜昌孙传芳率队沿江西上，“进驻夔万，以应急援”。杨森退出重庆后，第1军继续追击，12日克万县，18日克奉节，杨森防备不周，所部大败溃散，本人只身逃出奉节，搭轮到宜昌，投靠吴佩孚，收拾整理残部，出任第16师师长，从此成为北洋军阀武力图川可用之棋子与先锋。
当第1、第2两军交战时，但懋辛等致电在成都的刘成勋、赖心辉、邓锡侯等，请他们出兵相助。7月10日，第3军军长刘成勋被推为川军总司令兼四川省长，以邓锡侯、赖心辉分任正、副总指挥，率部进攻第2军。第2军腹背受敌而不支，8月7日，与杨森离渝的同时，刘湘亦离渝暂避，并于月底回原籍大邑，四川政局发生重大变化。11月上旬，第1、第3军在成都召开善后会议，决定川省暂取自治态度，推刘成勋为总司令，暂兼摄民政；废除军长制，各师、旅原有单位暂不变更，分期实行裁兵，破除防区，统一财政。由于明令废除军制，缩编部队，引起了各军内部的矛盾，各自争防区，争粮饷，所谓裁兵反成了扩军。1923年1月，第3军下属的第7师师长陈国栋与刘成勋发生内讧，引起第1军助刘攻陈，而中立派第3师师长邓锡侯则助陈攻刘，成都、重庆重又陷于混战之中。