清茶门教在发展过程中，又分支为圆教一派。创立者是安徽巢县水手方荣升，自号蓬莱无极老祖，编著《破邪显正明心录》，宣传劫变和真命天子下凡。该教所诵经卷还有《定劫宝卷》、《应劫册》等。嘉庆二十年间，清茶门教被清政府压制下去。
八卦教是有清一代华北地区势力最大、影响最深的民间秘密宗教教派。康熙年间，山东人刘佐臣创立了五荤道收元教（即八卦教），编撰《五女传道书》，该教旨在以不食五荤为戒条，传播普度众生收元结果。教内组织有八卦分管各支的安排。乾隆以后，八卦教继续发展壮大。主要活动范围为山东、河南、河北等省，后又延伸到山西、江苏等地。教中按八卦分派，以坎、震、离三支最为发达。八卦教信奉天盘三副说。由于创教的刘氏家族有很多是受过儒学教育的地方官员，所以教义中有较多的儒学内容。例如，他们把三世说中的过去、现在和未来，改称为先天、中天和后天，这三天的掌世人物也是由天上移到人间的，从而反映了儒家的入世精神。到了后来，为了不把忌斋戒的人挡在教外，八卦教由戒五荤改为戒杀、戒盗、戒淫、戒毁、戒斯，宣传实行儒家的仁、义、礼、智、信等道德思想。
八卦教在初创时期，与其他民间宗教一样，是以给人治病、祛灾、避祸，作为传教收徒的主要方式。清中叶以后，八卦教各教派内设立了文、武弟子，文弟子运气练功；武弟子演习拳棒。这一形式对后来其他民间秘密宗教的影响很大。另外，八卦教中有些教派有明显的反清倾向，并组织了教派起义。如，乾隆三十九年（1774年）在山东发生王伦组织的清水教起义；嘉庆十八年（1813年）在北京爆发李文成、林清领导的天理教起义等。到嘉庆二十二年（1817年），八卦教教首刘成林被清廷处决，该教派才被镇压下去。